把制氧机卖给没有二类医疗器械备案的公司合法吗

当然有，国家八号令明确规定经营二类医药器械要在市局进行备案，获取备案凭证后才可以经营。销售给经营公司，公司必须是有资质的，建议详细看看《医疗器械经营监督管理办法》（国家食品药品监督管理总局局令第8号）。